| Programme |
| 08:45 | Accueil des participants |
| 09:15 | Application des NGS à l’étude d’un pathogène alimentaire : Escherichia coli productrice de Shiga toxine (STEC) Sabine Delannoy, Anses |
| 09:45 | Whole-genome mapping : nouvelle méthode de typage des isolats - avantages et limites Lucie Plourde, Sanofi-Pasteur |
| 10:15 | Séquençage de nouvelle génération du VIH en pratique courante Stéphanie Raymond, CHU Toulouse Jacques Izopet, CHU Toulouse |
| 10:45 | Pause-café |
| 11:15 | Analyse comparative de la sensibilité du séquençage métagénomique et de la PCR pour détecter un simulant d’agent pathogène (Bacillus atrophaeus) dans des échantillons environnementaux Dephine Plaire, CEA, Laboratoire de transcription et de génomique |
| 11:45 | Génotypage de résistance du VHC par séquençage à haut débit, applications et implémentation en routine diagnostique Christophe Rodriguez, CNR Hépatites virales B, C, delta, Plateforme NGS du Laboratoire de Virologie, Hôpital H. Mondor |
| 12:15 | Comparaison séquençage à haut débit versus séquençage Sanger dans la détection de variants minoritaires pour l’étude des résistances aux anti-rétroviraux de patients naïfs infectés par le VIH. Kazali Alidjinou, Institut de Microbiologie, CHU Lille Joséphine Deldalle, Institut de Microbiologie, CHU Lille Christophe Hallaert, Institut de Microbiologie, CHU Lille |
| 12:45 | Pause déjeuner |
| 13:45 | Comparaison de deux outils bio-informatiques pour l’épidémiologie des infections à Clostridium difficile. Rémi Le Guern, Institut de Microbiologie, CHU Lille Christophe Hallaert, Institut de Microbiologie, CHU Lille |
| 14:00 | Traçage moléculaire par NGS à haute précision pour Mycobacterium tuberculosis et Staphylococcus aureus Philip Supply, CNRS, Institut Pasteur de Lille |
| 14:30 | Deeplex-MycTB, un nouvel outil de diagnostic de Mycobacterium tuberculosis basé sur le NGS Cyril Gaudin, Genoscreen, LIlle |
| 15:00 | Plus d'excuses pour ne pas passer au NGS ! Gaël Kaneko, BioMérieux |
| 15:30 | PathoTRACK, une plateforme d’analyse de données de séquençage haut débit pour le NRBC Stéphane Cruveiller, CEA - Institut de Génomique, Evry |
| 16:00 | Exploitez largement vos données bio-informatiques du NGS ! Bruno Pot, Applied Math, Sint-Martens-Latem, Belgique |
